Im Zusammenhang islamischer Reformbewegungen im Mittelalter spielt die Entwicklung der islamischen mystischen Richtung, des Sufismus (von arabisch Tasawwuf, wahrscheinlich von „suf“ = Wolle, also sich in Wolle kleiden) eine wichtige Rolle. Er war eine Antwort auf die institutionalisierten Erstarrungen in der der »umma«, der Gemeinschaft aller Gläubigen und auf die religiöse Erstarrung, die dem tiefen Bedürfnis nach erlebter Religiosität nicht mehr entsprechen konnte. Auf der Basis von Koran und Sunna zogen sich die Sufis, ähnlich den christlichen Mönchen in Syrien und Ägypten, entweder in die Einöde zurück oder lebten allerdings nicht zölibatär in klosterähnlichen Orden mit einem Scheich als Oberhaupt. In diesen Orden (arabisch Tariqa = Weg, Methode) übten sie die Bruderschaften in einer Art Ur-Kommunismus zu strengem Fasten und intensivem Gebet. Einige von ihnen predigten jedoch auch öffentlich in den Städten im östlichen wie im westlichen Teil der islamischen Herrschaftsgebiete.
In dieser Weise wirkten u.a. Mansur al-Halladsch [Hallaj] (857–922), der in Bagdad wegen seiner Vorstellung von der im Menschen wirkenden Gottesliebe hingerichtet wurde. In Spanien und Nordafrika war es u.a. Ibn al-Arabi (1165-1241), der ins Exil gehen musste. Die Mystiker, besonders unter dem Einfluss von Fariduddin Attar (1126–ca. 1230) und Djelaleddin Rumi [Dschalal ad-Din ar-Rumi] (1207–1273) sahen letztlich in dieser korrelativ geprägten Liebesbeziehung Gott-Mensch-Gott eine Gleichwertigkeit aller Religionen.
Die spirituelle Vertiefung im Sufismus und der konsequente Vernunftgebrauch in der rationalistisch geprägten Theologie war vielen orthodoxen Rechtsgelehrten zunehmend ein Ärgernis. Sie wurden zunehmend des kufr (= Unglauben) angeklagt. Denn zahlreiche Sufi-Meister und theologisch-philosophische Lehrer an den islamischen Universitäten, aber auch einfache Wanderderwische, verbreiteten ihre revolutionär anmutende Ideen von der Gleichheit aller Menschen mit einem aufgeklärten dialogischen Koranverständnis. Die Folge war, dass eine Reihe der philosophischen Rationalisten wie der Sufi-Lehrer entweder von islamischen Herrschern verbannt, eingekerkert oder gar hingerichtet wurden. Eine besonders problematische Rolle spielt dabei Ibn Taimiya, (1263–1328), dessen Fatwas (theologische und juristische Gutachten) die idjtihad faktisch zu verschließen versuchten. Das Ergebnis war, dass seit dem 13. Jahrhundert die islamische Theologie praktisch keine Veränderungen mehr erfuhr und sich fundamentalistisch verhärtete.
