In der katholischen Kirche (siehe Katholische Kirche) versteht man unter Konsistorium die öffentliche, halböffentliche oder geheime Vollversammlung der Kardinäle (siehe Kardinal).
In einigen evangelischen Landeskirchen (siehe Evangelische Kirche) auf dem ehemaligen Territorium Preußens bezeichnete das Konsistorium die leitende kirchliche Verwaltungsbehörde, bestehend aus Theologen und Juristen. Ursprünglich hatte sie die landesherrliche Kirchenaufsicht im staatlichen Auftrag zu vollziehen. Seit 1918 waren die Konsistorien rein kirchliche Behörden.
Die Bezeichnung Konsistorium wird heute nur noch in der Evangelischen Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz verwendet. In den anderen Landeskirchen heißt die leitende Verwaltungsbehörde zum Beispiel Landeskirchenamt oder Oberkirchenrat.
