Die Ketzerinquisition war eine spezielle Form des Inquisitionsverfahrens, das im Mittelalter gegen Ketzer eingesetzt wurde. Das Verfahren trat neben die von den Bischöfen getragene Form der Ketzerverfolgung und wurde 1231 von Papst Gregor IX. ins Leben gerufen.
Bei der Ketzerinquisition, die in der Anfangsphase meist denDominikanern übertragen wurde, sind in der Hand des Inquisitors alle Schritte vom Aufspüren, über den Prozess bis hin zur Verurteilung des Beschuldigten vereinigt. Im Unterschied zu den Bischöfen waren die päpstlichen Inquisitoren vom Papst auf unbestimmte Zeit speziell mit der Ketzerbekämpfung betraut worden.