Die Herkunft des Begriffes »Pharaonische Beschneidung« liegt ebenso im dunklen der Geschichte wie der Brauch an sich. Sicher ist lediglich, dass er Jahrtausende alt ist und bereits am Beginn der Menschheitsgeschichte durchgeführt wurde (möglicherweise im Zusammenhang mit der Ablösung von Menschenopfern).
Nach Strabo (25 v.Chr.) galt es in Ägypten als Auszeichnung von Frauen höherer Kasten, beschnitten zu sein. Mumienfunde, die als Beleg angeführt wurden, sind aber nach neueren Untersuchungen anzuzweifeln. Ein griechischer Papyrus aus dem Britisches Museum (163 v. Chr. ) berichtet von der Beschneidung bei Mädchen in heiratsfähigem Alter und auch bei Herodot (5. Jh. v. Chr. ) finden sich Hinweise auf die Beschneidung von Mädchen als einen Brauch der Äthiopier, Ägypter, Phönizier und Hethiter.
siehe Infibulation