Liborius Wagner wurde vor dem Jahre 1600 in einer alteingesessenen evangelischen Familie im thüringischen Mühlhausen geboren, wo er auch die Schule besuchte. Nach Beendigung der Schule begann er ein Philologiestudium in Leipzig. Später wechselte er zur Universität Straßburg über, wo er erstmals in näheren Kontakt zum dortigen Katholizismus kam. Schließlich begann er unter dem Einfluß der dortigen katholischen Kreise in Würzburg katholische Theologie zu studieren. Würzburg galt zu dieser Zeit als eine der bekanntesten Stätten katholischer Wissenschaft.
Im Jahre 1625 wurde Liborius Wagner zum Priester geweiht. Kurzfristig als Kaplan in Hardtheim tätig, wurde er bereits ein Jahr nach seiner Priesterweihe als Pfarrer in Altenmünster bei Schweinfurth eingesetzt. Der damals herrschende Priestermangel machte eine solche frühzeitige Einweisung in eine Pfarrstelle möglich.
Um 1630 drangen schwedische Truppen in Süddeutschland vor. Viele Katholiken verleugneten aus Furcht vor Repressalien der »protestantischen« Schweden ihre Konfession. Liborius Wagner gehörte nicht dazu, musste sich aber versteckt halten, da die schwedischen Landsknechte ihn als ehemaligen Protestanten mit besonderem Eifer suchten. Durch Verrat wurde sein Versteck bekannt und Wagner wurde von schwedischen Soldaten festgesetzt. Zunächst versuchte man Pfarrer Wagner zu zwingen, dem Katholizismus abzuschwören und wieder evangelisch zu werden. Als er sich weigerte, wurde er den berüchtigten Folterungen dieser Zeit unterworfen, blieb aber seiner Überzeugung treu. Nachdem er durch die Folterung schon mehr tot als lebendig war, wurde er schließlich am 9.12.1631 ermordet. Seine bis zur Unkenntlichkeit entstellte Leiche warfen seine Mörder in den Main.
Obwohl der Leichnam ans Ufer geschwemmt wurde, traute sich die katholische Bevölkerung aus Angst vor den schwedischen Landsknechten nicht, ihren Pfarrer ordentlich zu bestatten. Erst nach dem Abzug der schwedischen Soldateska 1634 wurde Liborius Wagner in der Schlosskapelle zu Mainberg bestattet.
Liborius Wagner wurde im März 1974 vom Papst selig gesprochen, war aber bereits zuvor von der Katholischen Kirche in Deutschland als sog. gottseeliger Glaubenszeuge verehrt worden.
