Krypta (griech. kryptos = geheim, verborgen), unterirdischer oder halbunterirdischer Grabraum in romanischen Kirchen (siehe Romanik), wo Reliquien aufbewahrt werden und Gräber von Heiligen stehen. Die Krypten sind meist unter dem Chor oder der Apsis gelegen, zugleich oft deren Kellerfundament.
In frühchristlicher Zeit wurden Kirchen oft über Krypten errichtet. Ist die Krypta sehr groß, nennt man sie auch Unterkirche.
Die in romanischer Zeit entstandene Hallen-Krypta wurde zur häufigsten Form: eine meist dreischiffige Anlage, die nicht nur Grabraum ist, sondern auch einen Altar hat und ferner als Andachtsraum dient.